デメリット１： 設立に費用が掛かる
個人事業では、税務署に開業届を出すだけで営業を開始できますが、会社の場合には定款や登記に費用が掛かります。ただし、この設立時の費用は会社設立後に経費として会計処理できます。
デメリット２：赤字でも税金が掛かる
個人事業で事業所得がない場合、個人事業主の所得税は非課税、住民税は均等割の負担になるように、法人で所得がない場合、法人税は掛からなくても法人住民税の均等割を負担しなければなりません。
デメリット３：社会保険の加入が必要になる
健康保険と厚生年金は、会社が半分を負担するため、従業員が多くなればなるほど負担が大きくなります。
デメリット４：事務作業が増える
個人事業よりも会計処理が複雑になる点と、社会保険等の手続、税務申告と確実に事務作業負担が増えます。
デメリット５： 面倒な変更手続き
法人が法務局で登記をするということは、登記した内容（商号、所在地、事業目的など）に変更があれば、変更登記をしなければならないことを意味します。例えば、個人事業では事業内容を変更しても届出は必要ありませんが、法人では定款に定めた事業目的の変更に該当し、変更登記が必要になります。