株式会社と合同会社は色々と違う面があり、設立時には違いを把握して選択しなくてはなりません。どちらも一長一短ですが、同族会社など閉鎖的な経営では合同会社が、資金調達を柔軟にしたいのなら株式会社というように、目指す経営形態によっても選択肢は変わります。
１． 設立費用
合同会社では設立登記費用が安く、定款認証も不要になるために公証人への手数料も発生しません。費用を抑えたい場合には、設立時に合同会社を選択し、事業が軌道に乗ってから株式会社へ組織変更することも可能です。
２． 出資と経営
株式会社では、出資者であっても取締役として選任されなければ経営に携わることはできません。一方で合同会社の場合、出資者が業務を執行するため、所有と経営が分離されておらず、出資者の意図で会社を経営することが容易です。ただし、経営者が株式の多数を所有している株式会社であれば同じことです。
３．意思決定のスピード
株式会社では株主総会や取締役会といった設置機関が意思決定するため、重要な事項の決定には時間が掛かります。合同会社の意思決定は、経営者でもある出資者の同意によって行われるという点でスムーズです。
４．資金調達
株式会社における出資者とは株主で、持株は譲渡が可能、公募による資金調達も可能であるため、外部からの資金調達に優れています。合同会社では、外部からの資金調達はそのまま経営への参加となるので、慎重に検討しなければなりません。
５．利益配分
株式会社、合同会社のいずれであっても、基本的には出資比率に応じた利益配分を受けますが、合同会社では定款に定めることで出資比率に応じない利益配分が可能です。
６．社会的な認知度
合同会社は新会社法による新しい会社形態なので、株式会社に比べると社会的な認知度が低く、信用度にも直結している現実があります。最近では、大企業においても合同会社が採用されるようになり、設立件数も増加し続けていることから、合同会社の認知度が上昇しているとはいえ、まだまだ株式会社の方が認知度は上です。
７．役員の任期
株式会社では、株主が取締役とは限らず、株主総会によって取締役が選任され、任期は原則2年です。そして再任されたとしても役員変更登記が必要になり、その度に登録免許税も発生します。合同会社においては、出資者全員が代表権と業務執行権を持ち（代表を定めることはできる）、役員の任期がありません。